Nelle aquile calve, gli organi escretori primari sono i reni. I reni svolgono un ruolo vitale nel filtrare le sostanze di rifiuti, come l'urea e la creatinina, dal flusso sanguigno. Questi prodotti di scarto vengono quindi trasportati al CLOACA, che è una camera comune per i sistemi digestivi, urinari e riproduttivi. Dal cloaca, i prodotti di scarto vengono eliminati dal corpo sotto forma di urina.
Oltre ai reni, il fegato svolge anche un ruolo significativo nella disintossicazione e nell'eliminazione dei rifiuti metabolici nelle aquile calve. Il fegato converte le sostanze tossiche in forme meno dannose, che possono quindi essere escrete in modo più efficiente. Il fegato svolge anche un ruolo nella produzione di bile, che aiuta a digerire i grassi ed eliminare i prodotti di scarto attraverso le feci.