Tuttavia, dai tempi di Whittaker, i progressi nella biologia molecolare e nella genetica hanno portato a una comprensione più profonda delle relazioni evolutive tra gli organismi. Di conseguenza, alcuni biologi sostengono che il sistema a cinque kingdom è eccessivamente semplicistico e non riflette accuratamente la diversità e la complessità della vita sulla Terra.
Una delle principali critiche al sistema a cinque kingdom è che si basa principalmente sulle caratteristiche morfologiche ed ecologiche, piuttosto che sulle relazioni evolutive. Ciò può portare a gruppi artificiali di organismi che non sono strettamente correlati. Ad esempio, il Retista Kingdom è una categoria di cattura che include un'ampia varietà di organismi che non condividono un antenato comune.
Un'altra critica al sistema a cinque kingdom è che è troppo rigido. Non consente una facile sistemazione di nuove scoperte e non riflette la natura dinamica delle relazioni evolutive.
In alternativa al sistema a cinque reti, alcuni biologi propongono di utilizzare un sistema di classificazione più flessibile basato su relazioni evolutive. Questo approccio, noto come sistematica filogenetica, utilizza dati molecolari per costruire alberi filogenetici che mostrano le relazioni evolutive tra gli organismi. Gli alberi filogenetici possono essere usati per identificare i gruppi monofiletici, che sono gruppi che includono un antenato comune e tutti i suoi discendenti.
L'uso della sistematica filogenetica ha portato al riconoscimento di nuovi gruppi di organismi e alla comprensione rivista delle relazioni evolutive tra gli organismi viventi. Ad esempio, la scoperta dell'archaea, un gruppo di organismi unicellulari che sono distinti sia dai batteri che dagli eucarioti, ha portato alla proposta di un sistema di classificazione a sei re.
In sintesi, alcuni biologi sostengono che il concetto di cinque regni è obsoleto e che sono necessari sistemi di classificazione più complessi per comprendere meglio la diversità e l'evoluzione della vita.