1. incenerimento ad alta temperatura :Questo metodo prevede la combustione dei materiali infetti, comprese le carcasse degli animali colpiti e qualsiasi attrezzatura contaminata, a temperature estremamente elevate. Il calore elevato distrugge l'agente della BSE, impedendone la trasmissione.
2. Disinfezione chimica :Alcune sostanze chimiche, come l'idrossido di sodio (lisciva) e il perossido di idrogeno, sono efficaci nel distruggere l'agente della BSE. Queste sostanze chimiche vengono applicate ai materiali infetti, provocando la denaturazione delle proteine e l'inattivazione dei prioni infettivi.
3. Sterilizzazione a vapore :Anche il vapore ad alta pressione e temperatura può distruggere l'agente della BSE. Questo metodo viene spesso utilizzato per sterilizzare strumenti e attrezzature mediche e può essere applicato anche a materiali contaminati dalla BSE.