- Il nome della nave può essere derivato dalla vecchia parola inglese obsoleta "Beagle", che significa una piccola nave o una barca di una nave. Questa parola fu usata già nel 14 ° secolo per riferirsi a una piccola nave leggermente armata che veniva utilizzata per la ricognizione e il trasporto di rifornimenti.
- Un'altra possibile spiegazione è che il nome è stato ispirato dal Channel Beagle, una stretta via navigabile situata tra il Cile e l'Argentina. Il canale è stato nominato dagli esploratori britannici alla fine del 18 ° secolo ed è possibile che il nome di HMS Beagle sia stato scelto in riferimento a questa caratteristica geografica.
- Alcuni storici suggeriscono anche che il nome di HMS Beagle potrebbe essere stato influenzato dal porto di Beagle in Australia. Il porto si trova nel Territorio del Nord ed è stato nominato dagli esploratori britannici nel 1838, poco prima che HMS Beagle si imbarcasse nel suo famoso viaggio.