Mentre gli occhi marroni sono il colore degli occhi più comune per i pastori tedeschi, possono anche avere:
* Eyes Amber: Un colore caldo e rossastro.
* Occhi blu: Meno comune, ma possibile.
* eterocromia: Avere due occhi di colore diverso. Questo è raro, ma può verificarsi nei pastori tedeschi.
Il colore degli occhi di un pastore tedesco è determinato dalla quantità di melanina presente nell'iride. Più melanina, più scuri sono gli occhi.