Ecco perché:
* Somiglianze morfologiche: I choanoflagellati condividono sorprendenti somiglianze con le cellule del colletto (Choanociti) presenti nelle spugne, gli animali più semplici. Entrambi hanno un singolo flagello circondato da un colletto di microvilli, che vengono utilizzati per filtrare il cibo dall'acqua.
* Evidenza genetica: L'analisi molecolare, in particolare dei geni dell'RNA ribosomiale, supporta fortemente la stretta relazione evolutiva tra choanoflagellati e animali. Condividono un set unico di geni non trovati in altri protisti.
* potenziale antenato: È ampiamente creduto che un antenato simile a Choanoflagellate abbia dato origine agli animali.
Mentre altri protisti, come gli Amoebozoi, sono stati suggeriti di essere strettamente correlati agli animali in passato, l'evidenza indica in modo schiacciante i Choanoflagellati come i parenti viventi più vicini.