caccia e bracconaggio: Il cervo filippino viene cacciato per la sua carne, pelle e corna. La caccia ai cervi è un passatempo popolare nelle Filippine e l'applicazione delle norme di caccia è debole. Il bracconaggio è anche un grave problema, poiché i cervi vengono spesso uccisi in vendita nei mercati locali.
Malattia: Il cervo filippino è anche suscettibile a una varietà di malattie, sia introdotte che endemiche. Una delle minacce più gravi è la malattia del piede e della bocca, che può causare gravi malattie e persino morte nei cervi.
competizione con altre specie: Il cervo filippino deve anche affrontare la concorrenza per alimenti e risorse di altre specie, tra cui specie di cervo introdotte come il cervo RUSA e il cervo Sika. Queste specie introdotte possono superare il cervo filippino per cibo e habitat e possono anche trasmettere malattie.
Il cervo filippino è una specie in via di estinzione e la sua popolazione sta diminuendo rapidamente. A meno che non vengano prese misure di conservazione efficaci, è probabile che si estingua in natura.