Alla fine di Shadow the Hedgehog, Black Doom viene sconfitto e gettato nella Cometa Nera, che viene successivamente distrutta. Tuttavia, viene successivamente rivelato che Black Doom è sopravvissuto e ora sta tramando vendetta contro Shadow e il resto del mondo.
Nel gioco sequel, Sonic the Hedgehog (2006), Black Doom ritorna come principale antagonista. Guida un'invasione del mondo umano e tenta di utilizzare i Chaos Emerald per alimentare un'arma chiamata Eclipse Cannon. Shadow ei suoi amici riescono a fermare Black Doom e distruggere il cannone Eclipse, ma lo stesso Black Doom scappa.
Il destino finale di Black Doom è sconosciuto, ma è probabile che sia stato ucciso quando la Cometa Nera fu distrutta. Tuttavia, potrebbe anche essere sopravvissuto e potrebbe potenzialmente tornare in una partita futura.