Il fattore più significativo che contribuisce all'espirazione del lupo messicano è la perdita di habitat. Ciò è in gran parte dovuto alla conversione di habitat naturali in aree agricole e urbane. Di conseguenza, i lupi messicani hanno perso l'accesso alla loro base di prede naturali e ai siti di denning adatti.
2. Caccia e intrappolamento
Storicamente, i lupi messicani sono stati cacciati e intrappolati per la loro pelliccia e come mezzo di controllo dei predatori. Questo indiscriminato uccisione di lupi ha ulteriormente ridotto le loro popolazioni.
3. ibridazione
I lupi messicani sono strettamente correlati ai coyote e è stato documentato l'incrocio tra le due specie. L'ibridazione può portare alla diluizione dell'integrità genetica del lupo messicano e alla perdita di adattamenti unici essenziali per la sopravvivenza nel loro ambiente naturale.