Tuttavia, nelle aree in cui le risorse sono scarse o i loro territori si sovrappongono, possono sorgere conflitti tra le due specie. La competizione per cibo, habitat e terreno di caccia può portare a scontri e combattimenti.
Quando i lupi incontrano coyote, possono inseguirli e attaccarli attivamente per stabilire il dominio o proteggere il loro territorio. I lupi a volte possono uccidere i coyote per ridurre la concorrenza. Tali interazioni sono più probabili quando la preda è limitata o durante la stagione riproduttiva quando entrambe le specie stanno difendendo i loro territori.
D'altra parte, i coyote sono noti per la loro adattabilità e intraprendenza. In alcuni casi, i coyote possono evitare conflitti diretti con i lupi e ricorrere a cercare i resti della preda del lupo. Potrebbero anche adattare i loro comportamenti di caccia ed evitare aree in cui la presenza di lupo è alta.
Nel complesso, le interazioni tra lupi e coyote sono dinamiche e possono variare dalla concorrenza e dai conflitti alla coesistenza e alla collaborazione occasionale in rari casi.