Il Pantanal ospita una vasta varietà di uccelli, tra cui:
* Ara giacinto
* Ara scarlatta
*Airone bianco maggiore
* Cicogna di Jabiru
* Spatola rosata
* Ara dalle ali verdi
* Tucano Toco
* Smergo brasiliano
* Pettinare l'anatra
Mammiferi
Nel Pantanal si possono trovare molti mammiferi diversi, come:
* Armadillo gigante
* Lupo dalla criniera
* Pecari Chacoan
*Cervo della Pampa
* Giaguaro
*Ocelot
* Gatto tigre settentrionale
*Cervo di palude
* Capibara
Rettili e anfibi
Anche una varietà di rettili e anfibi abitano il Pantanal, tra cui:
* Anaconda verde
* Caimano nero
*Caimano Yacare
* Caimano dagli occhiali
*Tartaruga gigante brasiliana
* Tartaruga dai piedi rossi
* Tartaruga azzannatrice comune
* Rana velenosa dorata
* Raganella dagli occhi rossi
Pesce
Il Pantanal ospita oltre 260 specie di pesci, tra cui:
* Piranha dal ventre rosso
*Piranha nero
*Payara
* Arapaima
*Tambaqui
*Pacu
* Pesce gatto
*Caracidi
* Ciclidi