I furetti dai piedi neri cacciano individuando ed entrando nelle tane dei cani della prateria. Usano il loro acuto senso dell'udito e dell'olfatto per rilevare la presenza di cani della prateria sottoterra. Una volta all'interno della tana, il furetto cercherà e attaccherà la sua preda. Sono predatori efficienti e possono uccidere più cani della prateria in una singola sessione di caccia.
Oltre ai cani della prateria, i furetti dai piedi neri possono occasionalmente consumare altri piccoli mammiferi come scoiattoli di terra, topi e arvicole. È noto anche che mangiano uccelli, insetti e lucertole, sebbene questi elementi costituiscano una piccola parte della loro dieta.
La dipendenza del furetto dai piedi neri dai cani della prateria come fonte di cibo primaria li rende predatori altamente specializzati. Il loro stato di conservazione è strettamente legato alla disponibilità e all'abbondanza di colonie di cani della prateria. Il declino delle popolazioni di cani della prateria a causa della perdita di habitat, delle malattie e degli sforzi di controllo ha avuto un impatto significativo sulla popolazione di furetti dai piedi neri e ha contribuito al loro status di pericolo di estinzione.