La tiroidite di Hashimoto è spesso collegata a livelli elevati di immunoglobuline, in particolare di anticorpi anti-tireoglobulina e anti-perossidasi tiroidea. Questi anticorpi sono diretti contro le proteine costituenti della ghiandola tiroidea. Il loro aumento indica una risposta autoimmune contro la tiroide, con conseguente infiammazione cronica nota come tiroidite di Hashimoto.