Megalodon non si è "formato" nel senso di essere stato creato artificialmente. Era una specie di squalo evoluta naturalmente che si sviluppò e prosperò durante il suo tempo. Come tutte le altre specie, l'esistenza e le caratteristiche del Megalodon sono state modellate attraverso i processi di selezione naturale e adattamento al suo ambiente nel corso di milioni di anni.
Il Megalodon si è evoluto da antenati più piccoli del genere Otodus. Nel corso del tempo, alcune specie all'interno di questo lignaggio hanno sperimentato mutazioni genetiche vantaggiose che hanno permesso loro di crescere di dimensioni e sviluppare mascelle e denti più forti, determinando l'emergere del Megalodonte. Anche la disponibilità di prede abbondanti e le condizioni ambientali durante il Miocene e il Pliocene hanno contribuito al successo e al dominio del Megalodonte nel suo ecosistema.