Tuttavia, ci sono due sottospecie:
* Hippopotamus anphibius anfibius: Questa è la sottospecie nominata e si trova in gran parte della gamma dell'ippopotamo nell'Africa sub-sahariana.
* Hippopotamus anphibius Kiboko: Questa sottospecie si trova nell'ovest della gamma della specie, principalmente nell'Africa occidentale.
È importante notare che queste due sottospecie sono molto simili e le differenze tra loro sono sottili. Alcuni sostengono che non sono affatto sottospecie distinte, ma piuttosto popolazioni all'interno di una singola specie.
C'è anche un Pygmy Hippopotamus (Choropsis liberiensis) , che è una specie separata completamente e molto più piccola dell'ippopotamo comune. Si trovano nelle foreste della Liberia e della Sierra Leone.
Quindi, mentre ci sono diverse popolazioni e sottospecie di ippopotami, esiste solo una vera specie di ippopotamo: Hippopotamus anfibius.