I pinguini imperatori costruiscono i loro nidi sotto forma di "gruppi", che sono gruppi fitti di individui che si stringono insieme per riscaldarsi e proteggersi dal clima estremo dell'Antartide. Questi gruppi possono variare in dimensioni da poche decine a diverse migliaia di pinguini.
All'interno dei gruppi, i pinguini imperatori creano nidi individuali utilizzando neve e ghiaccio. Raschiano una depressione poco profonda nella neve e la ricoprono di piume, formando un nido rozzo ma efficace per contenere le uova. I nidi hanno in genere un diametro compreso tra 10 e 12 pollici e una profondità di pochi pollici.
È importante notare che i pinguini imperatori sono le uniche specie di pinguini che depongono le uova durante l'inverno. La maggior parte delle altre specie di pinguini si riproducono durante i mesi estivi più caldi.