Tuttavia, ci sono alcune eccezioni:
* Crocodili più grandi: I coccodrilli di acqua salata più grandi occasionalmente predano individui più piccoli della propria specie, in particolare i giovani. Questo è noto come cannibalismo.
* Snakes di grandi dimensioni: Alcuni serpenti molto grandi, come i pitoni reticolati, sono noti per uccidere e consumare giovani coccodrilli d'acqua salata.
* Altri predatori dell'apice: In rari casi, gli squali, in particolare gli squali di toro di grandi dimensioni, potrebbero preda di giovani coccodrilli, in particolare negli ambienti estuari.
È importante notare che questi casi sono rari e la stragrande maggioranza dei coccodrilli di acqua salata muore per cause naturali come la malattia o la vecchiaia.
C'è anche la possibilità di intervento umano. Ad esempio, alcune persone cacciano i coccodrilli, sebbene questo sia spesso limitato o regolato.