* Perdita di habitat: La distruzione dell'habitat del pinguino blu è una grande minaccia per la specie. Ciò può essere causato da una varietà di fattori, tra cui sviluppo costiero, inquinamento e cambiamenti climatici.
* Malattia: Piccoli pinguini blu sono suscettibili a una serie di malattie, tra cui colera aviaria, aspergillosi e coccidiosi.
* Interferenza umana: Piccoli pinguini blu possono essere disturbati da attività umane, come la nautica, la pesca e il nuoto. Questo può portare a stress, lesioni e persino morte.