I congorei furono incontrati per la prima volta dagli europei nel XVI secolo. Nel 1562, l'esploratore spagnolo Juan Pardo visitò il loro villaggio, che descriveva come situato su un bluff alto che si affaccia sul fiume. I Congorees erano amichevoli nei confronti degli spagnoli e davano loro cibo e forniture.
All'inizio del 17 ° secolo, i congorei furono attaccati dagli irochesi, che stavano cercando di espandere il loro territorio. I congorei furono costretti ad abbandonare il loro villaggio e spostarsi più a sud. Nel 1670, si stabilirono sul fiume Santee, dove vivevano per i successivi 50 anni.
Nel 1715, i Congorees furono nuovamente attaccati dagli irochesi, alleati con gli inglesi. I congorei furono sconfitti e il loro villaggio fu distrutto. I sopravvissuti sono fuggiti ai Waxhaws, che erano un sottogruppo di Catawba che viveva nella Carolina del Nord.
I Congorees alla fine si assimilarono nella tribù Catawba e la loro lingua e cultura furono persi. Tuttavia, il loro nome è ancora ricordato nei nomi di diversi luoghi della Carolina del Sud, tra cui il Parco Nazionale di Congaree e il fiume Congaree.