In generale, i pipistrelli di frutta mostrano poliginia, in cui i maschi si accoppiano con più femmine. Le femmine danno alla luce un solo cucciolo dopo un periodo di gestazione che in genere dura diversi mesi. I cuccioli sono nati con gli occhi chiusi e dipendono dalla madre per il cibo e le cure. Imparano a volare e foraggiare da soli in pochi mesi e raggiungere la maturità sessuale a circa un anno di età.
Alcune specie di pipistrelli di frutta, come la mazza di frutta color paglia (Eidolon helvum), mostrano un allevamento sincronizzato, in cui un gran numero di individui partorisce allo stesso tempo. Si ritiene che questo sia un adattamento per ridurre il rischio di predazione sulle femmine in gravidanza e sui giovani cuccioli.