Dallo stomaco, il chimo si sposta nell'intestino tenue, che è la parte più lunga e complessa del sistema digestivo. Qui, la maggior parte dell'assorbimento dei nutrienti avviene poiché il chimo viene miscelato con enzimi digestivi prodotti dal pancreas, come amilasi, lipasi e proteasi e bile prodotte dal fegato. Questi enzimi abbattono i carboidrati complessi, i grassi e le proteine in zuccheri semplici, acidi grassi e aminoacidi, rispettivamente. Le pareti dell'intestino tenue contengono minuscole proiezioni simili a dita chiamate villi che aumentano la superficie per l'assorbimento dei nutrienti.
Il materiale non digerito lasciato dopo l'assorbimento dei nutrienti si sposta nell'intestino crasso, che consiste nel colon e nel retto. Il colon assorbe acqua ed elettroliti, convertendo il chimo rimanente in rifiuti solidi. Il retto memorizza i rifiuti solidi fino a quando non può essere eliminato dal corpo attraverso l'ano durante il processo di defecazione.