* Pelle: La pelle ospita una varietà di microrganismi, inclusi batteri, funghi e virus. Questi microbi aiutano a proteggere la pelle da infezioni e danni e svolgono anche un ruolo nella regolazione della temperatura e dei livelli di umidità della pelle.
* Vie respiratorie: Il tratto respiratorio è rivestito di muco, che intrappola i microrganismi e impedisce loro di entrare nei polmoni. Tuttavia, alcuni microrganismi possono comunque oltrepassare il muco e causare infezioni, come polmonite e bronchite.
* Tratto digerente: Il tratto digestivo ospita un gran numero di microrganismi, inclusi batteri, funghi e protozoi. Questi microbi aiutano a digerire il cibo, ad assorbire i nutrienti e a produrre vitamine. Svolgono anche un ruolo nella protezione del tratto digestivo dalle infezioni.
* Tratto urogenitale: Il tratto urogenitale ospita una varietà di microrganismi, inclusi batteri, funghi e virus. Questi microbi possono causare infezioni, come infezioni del tratto urinario e malattie sessualmente trasmissibili.
* Sangue: Il sangue è normalmente sterile, ma può infettarsi con microrganismi se si verifica una rottura della pelle o se viene eseguita una procedura medica.
Nei bovini:
* Rumen: Il rumine è un grande organo simile a una sacca nello stomaco della mucca. Ospita una vasta popolazione di microrganismi, inclusi batteri, funghi e protozoi. Questi microbi aiutano a scomporre il materiale vegetale e a convertirlo in sostanze nutritive che la mucca può assorbire.
* Reticolo: Il reticolo è un piccolo organo a nido d'ape situato vicino al rumine. Contiene anche una vasta popolazione di microrganismi, che aiutano a scomporre il materiale vegetale.
* Omasum: L'omaso è un terzo compartimento dello stomaco responsabile dell'assorbimento di acqua e sostanze nutritive dal digesto. Contiene anche una popolazione di microrganismi, ma non tanti quanto il rumine e il reticolo.
* Abomaso: L'abomaso è il vero stomaco della mucca. Secerne enzimi digestivi che scompongono proteine e grassi. Non contiene molti microrganismi.
* Intestino: L'intestino è responsabile dell'assorbimento dei nutrienti dal digesto. Contengono anche una popolazione di microrganismi che aiutano a scomporre i nutrienti e a produrre vitamine.
* Feci: Le feci sono i prodotti di scarto della digestione. Contengono un gran numero di microrganismi, inclusi batteri, funghi e protozoi.