Le potenziali conseguenze dell'estinzione dello squalo balena includono interruzioni per gli ecosistemi marini che si basano sulla loro presenza per il trasporto di nutrienti e il mantenimento di ragnatele alimentari trofiche. Queste interruzioni possono a loro volta influire su altre specie marine, comprese quelle raccolte per il consumo umano, ma qualsiasi effetto sulla pesca umana sarebbe probabilmente indiretto e non così terribile come quelli causati dalla pesca eccessiva, dai cambiamenti climatici e dalla distruzione dell'habitat.
In definitiva, gli squali balene hanno un significato diretto minimo per la vita umana rispetto ad altre specie minacciate che forniscono cibo, supportano i servizi ecosistemici o addirittura fungono da fonti di approfondimenti scientifici e medici.