* Predatori: Gli squali di balena hanno pochi predatori, ma a volte sono predati da balene assassine, grandi squali bianchi e squali tigre.
* Malattia: Gli squali di balena possono soffrire di una varietà di malattie, tra cui infezioni batteriche, infezioni virali e infestazioni parassitarie.
* Perdita di habitat: Gli squali di balena si affidano a scogliere di corallo sane e altri habitat marini per sopravvivere. Tuttavia, questi habitat sono sempre più minacciati da attività umane, come l'inquinamento, lo sviluppo costiero e i cambiamenti climatici.