Oltre ad assorbire l'ossigeno, le branchie aiutano anche ad amplificare l'anidride carbonica, che è un prodotto di scarto della respirazione. L'anidride carbonica viene rilasciata nell'acqua mentre il sangue scorre attraverso i filamenti di branchie.
Le branchie di una trota arcobaleno sono molto efficienti nell'assorbimento di ossigeno dall'acqua. Questo perché i filamenti di branchie sono molto sottili, il che consente una grande superficie per l'assorbimento di ossigeno. I vasi sanguigni nei filamenti di branchie sono anche molto vicini alla superficie dei filamenti, il che consente la rapida diffusione di ossigeno nel sangue.