La filoertrina appare rossa perché assorbe la luce principalmente nella regione blu-verde dello spettro (raggiungendo circa 495 nm di lunghezza d'onda) e riflette la luce rossa. Questo pigmento gioca un ruolo nella fotosintesi catturando in modo efficiente energia luminosa dalla parte blu-verde dello spettro e trasferendolo in clorofilla A, il pigmento fotosintetico primario. Massimizzando l'assorbimento della luce, la filoertrina consente alle alghe di fotosintetizzare in modo efficiente in acque profonde o ambienti ombrosi in cui la luce blu-verde si penetra ragionevolmente bene.
Insieme alla phicoertrina, anche altre phicobiliproteine come la ficocianina (che appare blu) e l'allophycocianina (apparentemente blu-verde) contribuiscono ai colori vivaci osservati in diverse specie alghe.