Il cavalluccio marino pigmeo ha uno strato di cellule specializzate chiamate cromatofori nella sua pelle. I cromatofori contengono granuli di pigmento che possono essere dispersi o concentrati per cambiare il colore della pelle. Il cavalluccio marino ha anche una rete di minuscoli muscoli in grado di controllare il movimento dei cromatofori. Ciò consente al cavalluccio marino di cambiare rapidamente colore per abbinarlo al corallo circostante.
Oltre a cambiare colore, il cavalluccio marino pigmeo può anche cambiare la struttura della sua pelle. Ciò è ottenuto da un secondo tipo di cellula specializzata chiamata papille dermiche. Le papille dermiche sono piccole proiezioni carnose che possono essere sollevate o abbassate per modificare la struttura della pelle. Il cavalluccio marino pigmeo utilizza questo adattamento per adattarsi alla consistenza del corallo che lo circonda, il che rende ancora più difficile l'individuazione per i predatori.
La capacità del cavalluccio marino pigmeo di mimetizzarsi è essenziale per la sua sopravvivenza. Permette loro di mimetizzarsi con l'ambiente circostante ed evitare di essere mangiati dai predatori. È utile anche quando cacciano le prede, poiché possono usare il loro camuffamento per tendere un'imboscata alla preda.