Tuttavia, ci sono alcune eccezioni:
* piccoli squali e pesce :Gli squali balene giovani o più piccoli potrebbero essere vulnerabili all'attacco da squali più grandi, specialmente quando si stanno ancora sviluppando.
* orcas (balene killer) :Pur non essendo frequenti, gli orchi sono noti per preda di squali balene. Sono altamente intelligenti e in grado di cacciare grandi prede.
* umani :Sfortunatamente, gli umani rappresentano una grave minaccia per gli squali balene attraverso pratiche di pesca come catture accidentali e pesca mirata.
È importante ricordare che gli squali balene non vengono cacciati regolarmente da altri animali a causa delle loro massicce dimensioni e meccanismi difensivi. È più probabile che incontrino minacce dagli umani che da altri animali.