I pipistrelli hanno un alto tasso metabolico e richiedono molto ossigeno per alimentare il loro volo. Respirano più rapidamente degli altri mammiferi e i loro polmoni sono più grandi in proporzione alle dimensioni del corpo. I pipistrelli hanno anche un adattamento speciale chiamato "Valvola nasale", che li aiuta a regolare il loro flusso d'aria durante il volo.
Quando una mazza inale, l'aria entra attraverso le narici e passa attraverso la valvola nasale. La valvola nasale aiuta a controllare la quantità di aria che entra nei polmoni e impedisce anche all'aria di fluire indietro dal naso durante il volo.
L'aria quindi viaggia lungo la trachea e nei polmoni. I polmoni sono foderati con alveoli, che sono piccole sacche d'aria in cui si svolge lo scambio di gas. L'ossigeno dall'aria si diffonde nel flusso sanguigno e l'anidride carbonica si diffonde dal flusso sanguigno nell'aria.
L'aria quindi esce dai polmoni e passa attraverso la trachea e fuori dalle narici.
I pipistrelli sono in grado di respirare mentre volano grazie ai loro potenti polmoni e al sistema respiratorio efficiente. Sono in grado di mantenere un alto tasso di consumo di ossigeno anche durante voli lunghi e faticosi.