Gli uccelli sono nella classe Aves , caratterizzati da piume, becchi e ali, mentre i pipistrelli appartengono all'ordine Chirotteri, all'interno della classe Mammalia . I pipistrelli sono gli unici mammiferi dotati di volo a motore.
Pipistrelli e uccelli condividono un antenato comune , chiamato Sinapsidi, che esisteva circa 300 milioni di anni fa. Da questo antenato comune si separarono due rami:i sinapsidi, che si evolvettero in mammiferi, e i sauropsidi, che diedero origine a rettili e uccelli.
Sebbene possano aver condiviso un antenato comune, i pipistrelli e gli uccelli hanno sviluppato differenze significative nella loro anatomia, fisiologia e comportamento nel corso di milioni di anni.