La trota respira attraverso le branchie. Le branchie sono organi specializzati che estraggono ossigeno dall'acqua. Si trovano su entrambi i lati della testa della trota e sono costituiti da filamenti sottili e piumati. Ogni filamento è coperto da piccoli vasi sanguigni, che assorbono l'ossigeno dall'acqua. Mentre la trota respira, attira l'acqua attraverso la sua bocca e la passa sopra le branchie. L'ossigeno nell'acqua viene assorbito dai vasi sanguigni nelle branchie e l'acqua viene quindi espulsa attraverso le fessure della branchia della trota. Le branchie della trota sono molto efficienti nell'estrarre ossigeno dall'acqua e consentono alla trota di respirare anche in ambienti di ossigeno relativamente basso.